VHUs styrelse väljs av medlemmarna på årsstämman, som hålls varje år senast i maj. Styrelsen består av ordförande, vice ordförande, kassör samt ledamöter. Alla i styrelsen är forskare och lärare med anknytning till hållbarhetsfrågor.
Styrelsen träffas två gånger årligen, en gång i samband med årsmötet och en gång på höstterminen. För övrigt hålls styrelsemöten på telefon och följer vanlig föreningsprocedur. I styrelsens arbete ingår även administratören, som sköter dokument och för protokoll.